Marcadores de posición

Hoja de ruta

Preguntas

• “¿Cómo hago una regla genérica?”

Objetivos

• “Mira cómo Snakemake trata algunos errores”

Nuestro Snakefile tiene algunos duplicados. Por ejemplo, los nombres de los archivos de texto se repiten en algunos lugares a lo largo de las reglas del Snakefile. Los Snakefiles son una forma de código y, en cualquier código, la repetición puede dar lugar a problemas (por ejemplo, renombramos un archivo de datos en una parte del Snakefile pero olvidamos renombrarlo en otro lugar).

D.R.Y. (Don’t Repeat Yourself) (No te repitas)

En muchos lenguajes de programación, la mayor parte de las características del lenguaje están ahí para permitir al programador describir rutinas computacionales largas como código corto, expresivo y bonito. Las características de Python, R o Java, como las variables y funciones definidas por el usuario, son útiles en parte porque nos evitan tener que escribir (o pensar) en todos los detalles una y otra vez. Este buen hábito de escribir las cosas sólo una vez se conoce como el principio de “No te repitas” o D.R.Y. (por sus siglas en inglés).

Vamos a eliminar algunas de las repeticiones de nuestro archivo Snakefile.

Marcadores de posición

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Para hacer una regla más genérica necesitamos marcadores de posición. Veamos qué aspecto tiene un marcador de posición

PYTHON

rule hostname_remote:
    output: "hostname_remote.txt"
    input:
    shell:
        "hostname > {output}"

Como recordatorio, aquí está la versión anterior del último episodio:

PYTHON

rule hostname_remote:
    output: "hostname_remote.txt"
    input:
    shell:
        "hostname > hostname_remote.txt"

La nueva regla ha reemplazado nombres de archivo explícitos con cosas en {curly brackets}, específicamente {output} (pero también podría haber sido {input}…si eso tuviera un valor y fuera útil).

{input} y {output} son marcadores de posición

Los marcadores de posición se utilizan en la sección shell de una regla, y Snakemake los reemplazará con los valores apropiados - {input} con el nombre completo del archivo de entrada, y {output} con el nombre completo del archivo de salida - antes de ejecutar el comando.

{resources} también es un marcador de posición, y podemos acceder a un elemento con nombre del {resources} con la notación {resources.runtime} (por ejemplo).

Puntos Clave

• “Las reglas de Snakemake se hacen más genéricas con marcadores de posición”
• “Los marcadores de posición en la parte shell de la regla se sustituyen por valores basados en los comodines elegidos”